由德克萨斯大学MD安德森癌症中心的研究人员领导的一项新研究今天发表在Nature Medicine上，对T细胞状态的广泛多样性以及它们在复杂肿瘤微环境中的关系和作用提供了更深入的了解，为理解癌症免疫治疗效果带来了新的视角。
这种新的泛癌单细胞T细胞图谱集成了27个单细胞RNA测序数据集，其中包括MD安德森的16个独特数据集，涵盖<>种癌症类型。这是迄今为止存在于肿瘤微环境中的T细胞异质性的最详细的图片，并显示了它们的表型状态以及每种状态的相对比例如何在确定免疫治疗的有效性和潜在不良反应的可能性方面发挥关键作用。
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“这种大型数据集和全面的泛癌症分析提供了在研究单一类型的癌症甚至少数癌症类型时看不到的东西的机会，”通讯作者Linghua Wang博士说基因组医学副教授。“我们希望这些高分辨率图谱，包括彻底表征的T细胞状态，是促进未来T细胞研究和生物标志物发现的宝贵资源。
这项研究的一个值得注意的发现是以前未描述的T细胞应激反应状态，或T。可疑交易报告(可疑交易报告).在之前的单细胞研究中，这些T细胞经常被忽视或被认为是与组织解离相关的伪影。然而，凭借广泛的可用数据，研究人员能够将这些细胞识别为一个明显独特的群体，与其他CD4或CD8 T细胞亚群不同，并使用多种空间分析方法原位验证它们的存在。++
T可疑交易报告(可疑交易报告)细胞可以被认为是“压力过大”的T细胞，就像一个有压力的人在工作中可能不太有效一样，它们在对抗癌症方面似乎不太有效。虽然两者都 T可疑交易报告(可疑交易报告)细胞和耗尽的T细胞可能功能失调，T可疑交易报告(可疑交易报告)细胞似乎遵循独特的分化路径，与耗尽的T细胞的轨迹不同。
T可疑交易报告(可疑交易报告)细胞的特征是高热休克基因表达，重要的是，在免疫检查点阻断治疗后，CD4 和 CD8 T 细胞的分数显着更高，特别是在无应答者中。这表明 T++可疑交易报告(可疑交易报告)细胞可能在免疫疗法的耐药性中发挥作用。这种新的T细胞状态为我们对癌症复杂生物学的理解增加了一层，并为未来的治疗提供了潜在的靶点。
“事实上，这些 T可疑交易报告(可疑交易报告)细胞存在于许多不同类型的肿瘤中，开辟了一个充满可能性的全新世界，可能具有很高的翻译潜力，“王说。“研究T细胞应激反应的机制原因，了解这些应激T细胞如何在肿瘤微环境中被诱导，并学习如何停止或逆转这种T。可疑交易报告(可疑交易报告)国家可以促进更有效的治疗策略的发展，这些策略可能会为更多的癌症患者带来免疫治疗的好处。
这项工作还强调了大型综合数据集在肿瘤学中的价值。这个泛癌T细胞图谱体现了大数据的力量，可以揭示肿瘤内T细胞的复杂景观。研究人员在这项研究中总共描述了32种T细胞状态，并进一步确定了CD4调节亚群中的七个亚群，CD4滤泡辅助性T细胞群中的五个亚群以及增殖T细胞中的八个状态。++
这些发现都强调了肿瘤微环境中T细胞状态的广泛异质性，以及进一步了解这些状态如何促进疾病进展和免疫治疗反应的必要性。
“还有很多问题需要回答，”王说。“这项研究的局限性之一是，对于所分析的大多数数据集，我们没有相应的T细胞受体数据。我们不确定是什么触发了 T可疑交易报告(可疑交易报告)状态，我们不知道它们来自哪个 T 细胞亚群。目前还不清楚这些T是否可疑交易报告(可疑交易报告)细胞对肿瘤细胞具有特异性，以及它们如何与肿瘤微环境中的其他细胞交流和影响。
研究团队通过单细胞研究门户与更广泛的研究界分享了他们的T细胞图谱，这是一个用户友好的交互式门户网站。该门户由该团队开发，允许内部和外部用户可视化和查询图集，而无需生物信息学技能。
该团队还开发了一个名为TCellMap的工具，该工具使研究人员能够通过与本研究生成的高分辨率T细胞图对齐，自动从其数据集中注释T细胞。Wang表示，她希望这些资源对旨在对T细胞进行深入分析的科学家有价值，从而进一步发现并最终增强T细胞治疗的策略。
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